福建医科大学创建于1937年，其前身是福建省立医学专科学校。1939年改名为福建省立医学院。1949年改称福建医学院。1969年，与福建中医学院、华侨大学医疗系合并，成立福建医科大学。1982年更名为福建医学院。1996年4月改为现名。
　　经过70多年的建设发展，学校已形成学士—硕士—博士人才培养体系和“勤奋、严谨、求实、创新”优良校风，成为一所集教学、科研、医疗、预防和社会服务为一体的省属医科大学。2003年，被福建省人民政府确定为重点建设高校。同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。
　　学校有附属医院(含临床医学院)10所，其中9所综合性附属医院(含临床医学院) 均为三级甲等医院，即附属第一医院、附属第二医院、附属协和医院、省立临床医学院（省立医院）、福总临床医学院（南京军区福州总医院）、附属厦门第一医院附属漳州市医院、附属泉州第一医院和附属三明第一医院；附属口腔医院1 所。此外，有临床教学医院26所，形成了比较完善的临床教学与实践教学基地网络。
　　

历史沿革：

（1）民国26年（1937年）6月福建省立医学专科学校创办于福建闽侯县。  

（2）1949年11月，福建省人民政府接办福建省立医学院，改为福建医学院，学制5年。 

（3）1970年，福建医学院奉命与福建中医学院合并，迁到泉州华侨大学校址，华侨大学医学系并入，改为福建医科大学。 

（4）1996年4月，经国家教委批准，更名为福建医科大学。相应的附属医院亦更名。 

（5）2003年，福建省人民政府确定为重点建设高校；同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。