经过多年的努力，我校建成了以院士为龙头、博士后流动站为基地、药品研究基地为平台、重点实验室为支撑、优秀中青年人才为骨干的理工医结合、中西医结合、生物高技术、公共卫生与预防医学等四大优势学科群。学科覆盖医学、理学、工学、文学、管理学、法学、经济学等7大学科门类。现有10个博士学位授权一级学科（临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、中药学、生物医学工程、生物学、药学、护理学、特种医学），7个博士后科研流动站（基础医学、临床医学、生物医学工程、公共卫生与预防医学、生物学、中西医结合和药学），75个博士学位授权点，98个硕士学位授权点。2003年，在广东省组织的重点学科评审中，全省参评学科综合评分的前15名学科中，我校就有8个，占全省的53.3%。

在理工医结合学科群中，拥有1名中国工程院院士、国家973项目首席科学家1人，中国生物医学工程学会常务理事1人，教育部高等学校专业教学指导委员会副主任委员1人，中国图像图形学会副理事长1人，省级学会理事以上职务3人，总后优秀教师3人，总后育才银奖3人，广东省丁颖科技奖1人，广东省南粤优秀教师2人，南方医科大学教学名师2人1名“973”项目首席科学家，享受政府特殊津贴专家5人，我国生物医学工程领域著名专家、中国工程院俞梦孙院士为学院双聘院士。，是中国医学图像学会理事长单位和《中国医学物理学》、《中国临床解剖学》2个核心期刊主编单位，建有全军医学图像重点实验室、全军大型医疗设备质量保证和检测中心，是大型医疗仪器国家、军队标准的制定单位。其中的生物医学工程为一级博士学位授权学科，在2002年国家教育部组织的全国理工类一级学科评估中，综合实力就已经达到了全国第八，“科学研究”得分名列全国第三，是广东省同类院校中唯一进入前10名的学科，近两年来又取得了新的重大发展。

在中西医结合学科群中，我校是华南地区唯一一所同时拥有西医和中医药学院的医科大学，拥有2个博士学位授权一级学科(中西医结合和中药学)、5个国家级重点学科、中药和西药国家级临床药理基地，拥有2名院士候选人，中央军委保健组专家2名，军队师承制导师2名等大批知名专家学者。2008年由该学科牵头组织的“疑难病症中西医结合诊疗方案优化及新制剂研发”项目，成功进入广东省省“211工程”三期重点建设。“十五”以来，在中医中药方面获得的国家自然基金18项，在全国28所中医药大学中名列第4位。

在生物高技术学科群中，拥有1名科学院院士，1名“973”项目首席科学家，在鼻咽癌分子机制、肿瘤靶向生物治疗、应用型基因芯片、地中海贫血早期基因诊断、疟疾免疫、基因工程疫苗等医学前沿领域的研究取得重大突破，居国内领先水平。我校是国家五大生物芯片研究中心之一，也是华南地区最具规模的生物芯片研究中心。

   公共卫生与预防医学学科群，是博士学位授权一级学科，全军“ 2110 ”重中之重建设学科，是全军指定的南方战区核、化、生等突发卫生事件应急和救护中心，是我军国际维和部队医疗队的专门培训机构，是广东省热带医学理事长单位、广东省预防医学领域的重点学科、重点实验室。 20 世纪 60 年代参加国家“两弹一星”和“三防”（防核武器、化学武器、生物武器）医学科技攻关的一批专家调入我校，奠定了该学科“三防”医学的基础。该学科汇聚了我国防生物战部分创始人，拥有国务院学科评议组专家、“ 863 计划”主题专家、国家科技评审专家等一批知名学者。建成了国家第一家数字化人体热气候仿真室、广东省最早的 P3 实验室（广东省 4 个之一）和广东省首家生物技术中试基地等一批国内一流的公共卫生研究实验室。在 SARS 肆虐期间，被指定为流行病调研组组长单位和心理治疗组组长单位，并承担了全国首列 SARS 患者尸体的解剖工作。目前，该学科已成为广东省开展突发公共卫生事件应急反应技术研究和应对的支撑平台和骨干力量。

现有专业技术人员6000多人，其中具有高级专业技术职称1100多人。中国科学院和中国工程院院士3名，双聘院士2人，国家“973”项目首席科学家2名，国家教学名师、全国优秀教师和全国模范教师8人，国家千人计划2人、国家高端外国专家2人、长江学者4人、广东省领军人才2人，国家杰出青年基金获得者5人，“何梁何利奖”获得者3人，国家级教学团队2个，有54人次先后获全国优秀科技工作者、全国优秀教师等荣誉，有100多名专家教授分别担任全军和全国性学术组织理事、常委以上职务。博士生导师334名，硕士生导师854名，先后有人员133人次享受国务院政府特殊津贴。