我校中医学、中药学为一级学科国家重点学科，有二级学科国家重点学科15个。另有国家中医药管理局重点学科48个，一级学科北京市重点学科2个，二级学科北京市重点学科8个。形成了以国家重点学科为龙头的优势学科体系，重点学科的数量和专业覆盖面在全国中医药院校中保持领先地位。

一级学科国家重点学科：中医学、中药学

二级学科国家重点学科：中医基础理论、中医诊断学、中西医结合基础、方剂学、中医内科学、中医临床基础、中医医史文献、针灸推拿学、中医外科学、中医妇科学、中医骨伤科学、中医儿科学、中医五官科学、民族医药、中药学

国家中医药管理局重点学科：伤寒学、中医基础理论、中医脑病学（东直门医院）、中西医结合基础、中药化学、中药分析学、临床中药学、中医诊断学、中药鉴定学、中药药理学、针灸学、中西医结合临床（东方医院）、中医肝胆病学、中医妇科学、中医全科医学、中医肺病学、中医内分泌病学、中医老年病学、中医急诊学、中医骨伤科学、中医血液病学、内经学、金匮要略、古汉语与医古文、中医脑病学（东方医院）、中医痹病学、中医肛肠病学、中医乳腺病学、中医周围血管病学、中医男科学、中医儿科学、中医眼科学、中医耳鼻喉科学、中医护理学、推拿学、中西医结合基础（药理）、中西医结合临床（东直门医院）、中医药信息学、中医文化学、中医神志病学、中医循证医学、中医体质学、中医药英语、中医国际传播学、中医药管理学、医药卫生法学、航天中医药学、航海中医药学

一级学科北京市重点学科：中西医结合、中医护理学

二级学科北京市重点学科：中医临床基础、中医医史文献、中医外科学、中医药管理学、中西医结合临床、中医人文学、中西医结合基础、中医护理学

重点学科主要研究方向：

中医学：中医基础理论研究（含文献、文化研究）；中医方药基础研究；中医优势病种防治研究；中医对重大疑难疾病的防治方法与疗效评价的研究；中医临床辨证论治的新体系的研究；中医治疗方法与技术的标准化的研究。

中药学：中药理论与中药信息工程研究；中药及复方药效物质基础与质量研究；中药（复方）药效评价与安全性研究；中药新剂型与新技术研究；中药鉴定与中药种质资源研究。

中西医结合：方证关联的现代病机学基础研究；中西医结合防治心血管病的临床与基础研究；“络病”的血管外基质成分变化与细胞损害及脏器纤维化过程研究；脉象与病机演化相互关系的研究；中医“内毒”致病与心、脑、肾等脏器发病的相关性研究；脾胃功能影响神志疾病的病机转化特性研究；中药补益作用和机理研究；循证医学与中医药。

学校现有教职工4450人，专任教师1078人，其中具有高级专业技术职务者占63.27%，具有硕士以上学位者占75.88%，有博士生导师325名。学校现有“国医大师”4人，“首都国医名师”7人，“长江学者”特聘教授3人，国家自然科学基金委员会杰出青年基金获得者2人，“973”项目首席科学家4人，国务院学科评议组成员3人，百千万人才工程国家级人选9人，国家级有突出贡献中青年专家8人，享受政府特殊津贴专家92人，形成了一支以国内外著名专家学者和国内有影响的中青年教授为主的师资队伍。