学院目前拥有中医学、中药学、中西医结合、临床医学4个硕士学位授权一级学科，中医基础理论、中医医史文献、方剂学、中医诊断学、中医临床基础、中医内科学、中医外科学、中医妇科学、中医儿科学、中医五官科学、中医骨伤科学、针灸推拿学、中西医结合基础、中西医结合临床、中药学、内科学、外科学、影像医学与核医学、妇产科学、精神病与精神卫生学等21个硕士学位授权点。2002年起与南京中医药大学联合培养中医儿科学博士研究生。2003年被批准成为具有研究生毕业同等学力人员申请硕士学位授予工作单位。2008年被批准成为高校教师在职攻读硕士学位培养单位。2009年被批准成为甘肃省2008-2015年新增博士学位授予单位立项建设单位。2010年被批准获得推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位研究生资格。
可授予医学、理学、工学、管理学等学位。